Nghiên cứu được thực hiện nhằm đánh giá ảnh hưởng của năng lực đổi mới, hệ thống thông tin kế toán quản trị ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động. Bên cạnh đó, nghiên cứu cũng kiểm định vai trò trung gian của hệ thống thông tin kế toán quản trị trong mối quan hệ giữa năng lực đổi mới với hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp. Sử dụng phương pháp nghiên cứu định lượng, mẫu nghiên cứu gồm 156 doanh nghiệp sản xuất tại Việt Nam, dữ liệu xử lý bằng phần mềm Smart PLS với kỹ thuật PLS SEM với các bước gồm thống kê mô tả, kiểm định mô hình đo lường, kiểm định mô hình cấu trúc. Kết quả nghiên cứu cho thấy, năng lực đổi mới, hệ thống thông tin kế toán quản trị có ảnh hưởng thuận chiều đến hiệu quả hoạt động và hệ thống thông tin kế toán quản trị đóng vai trò trung gian giữa năng lực đổi mới và hiệu quả hoạt động. Cuối cùng, nghiên cứu đề xuất các hàm ý nhằm nâng cao hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp thông qua năng lực đổi mới và hệ thống thông tin kế toán quản trị.